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先天性巨结肠的危害，有可能会出现小肠结肠炎、肠梗阻、腹膜炎、肠穿孔等。
先天性巨结肠属于儿童中比较特殊的一种疾病，会使患者伴随着便秘、腹胀，典型性的症状还会出现结肠扩张，导致大便无法排出。
出现这种疾病主要是患者在胚胎发育过程中，肠神经元没有发育好。正常的胚胎发育过程是神经经过消化道由近往远端迁移，但是巨结肠患者神经在迁移过程中会发生中止或者中断，会导致远端的结肠神经元没有植入。所以，这类患者肠道就没有蠕动功能，持续处于收缩状态和痉挛状态，导致大便无法排出，严重的患者也会造成生命危险。