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川崎病恢复期手指脱皮是常见的症状，但不是每个川崎病的孩子都会出现。病理解剖发现，川崎病的孩子存在血管炎和免疫激活的现象。
理论上病原微生物可以作为致病因素的超抗原，能识别选择自己的T细胞受体片段，在极低浓度下就能过度活化T细胞中的某些亚型，进行克隆，使得人体产生极强的免疫应答。而这类细菌毒素主要包括葡萄球菌肠毒素、链球菌致热外毒素、表皮剥脱性毒素、中毒性休克综合征毒素-1等。
表皮剥脱毒素也称为表皮溶解毒素，能引起哺乳动物新生个体，比如新生儿和婴幼儿出现表皮剥脱样病变，导致烫伤样皮肤综合征，而川崎病患儿多为5岁以下的孩子，这也就是为什么部分川崎病的孩子恢复期会出现手指脱皮的原因所在。