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川崎病会导致关节肿痛，所以当患儿被诊断为川崎病又伴有关节肿痛时，再下诊断的时候尤其要小心。鉴别的疾病就是幼年特发性关节炎。孩子会有发热、有关节的疼痛，还会有相似的临床表现。要根据患儿的其他的临床表现和相关的化验指标，来对这两个疾病进行鉴别。单纯从川崎病来说，因为它是一个全身的血管炎，就是说所有有血管炎的地方，都会有相应的症状出现，表现为关节少量的积液或者关节的疼痛，关节的活动受限。
有文献报道，在川崎病如果合并有关节的症状，病情比较重，治疗对丙球的反应不是太好。临床在诊断时要注意鉴别诊断，注意治疗之后关注治疗反应。如果是川崎病合并的关节疼痛，经过治疗，如果有效，会及时地消失，孩子很快恢复的。