男女的外生殖器官皮肤皱壁多，容易成为“藏污纳垢”之所，再加上外阴部分泌丰盛的汗腺和其他腺体，以及可能存在的尿、粪残存物，以及女性阴道的分泌物，在不透风的情况下容易形成有利于病原体的繁殖的环境。因此，不进行必要的清洁卫生就进行口交，会给双方健康带来潜在威胁的担心不是没有道理的。口交除了可以传播一般的性传播疾病外，还特别容易感染粪-口途径传播的消化道疾患，如阿米巴病、沙门菌病、病毒性肝炎、志贺菌病等。在为你喜欢的人进行口交之前，你要懂得保护自己，也要注意保护对方。
(1)保护自己：如果对方的尿道口或阴道口有分泌物，你一定要格外注意，因为正常健康的男性，在尿道口不会有明显的分泌物;健康女人阴道紧固件可以有少量的，但如果分泌物增加、颜色不对头、有异味或女人觉得局部刺痒，也有问题，另外，如果他的阴茎，或阴部有红肿、红疹、突起物、破皮、溃疡、或溃烂，你也要小心，这些都可能是感染疱疹、梅毒和尖锐湿疣等疾病的迹象。在这种情形下，不要为他(她)口交，更不要和他(她)进行性生活，以保护自己的安全。否则可以患淋菌性咽炎、口咽部尖锐和支原体感染等疾病。
从微生物角度看，口交可导致口腔的菌群失调、微生态失衡，从而引起口腔、咽部及消化系统疾病，尤其是在进行接吻、口交、阴道性交等多种性行为交替进行后的危害更加严重。所以，平时要注意保护身体健康，坚持体育锻炼，饮食科学合理，工作劳逸结合，提高机体的免疫力，可以抵御一般的感染性疾病。
(2)保护对方：口交时要用嘴唇包住牙齿，以免伤害到阴茎，引起坏疽性阴茎头炎、阴茎头溃疡，并因此从而容易诱发局部的感染。
(3)出于对双方健康的考虑：即便在确信对方没有感染性疾病的情况下，口交者如果口腔皮肤黏膜有破损之处，哪怕是非常微小的破损，也不应该进行口交。因为人口腔内的细菌是人体中最多的部位，而一般人多有牙龈炎，不但他的病原体容易从你的牙龈炎的伤口进入，你口腔内的细菌也可能从他的伤口进入而引发急性感染。
口交作为性活动的一种方式同其他性交方式一样，也必须以双方讲究性生活卫生为前提。仔细地沐浴和生殖器清洗会减少细菌的生存机会。这是以固定性关系的性行为做前提的，而排斥多性伴乱交的。所以，关键还要正确把握口交的对象。
对于身体健康者来说，这种方式的性行为是绝对不会传染疾病的。但对于有性病的人来说，这种方式则可以传染淋菌性咽喉炎等疾病。性传播疾病也并非也完全是由性交而造成的传播，性病之“毒”也可以从口而入，故同患有性病者的口交也可以传播性病。例如梅毒的病原体是细小的螺旋状细菌，对人体的皮肤黏膜有很强的亲和性，即使是微小的破损，也可以钻进去，而口交时同样可能造成病毒性肝炎的传染。另外，艾滋病也有可能经过精液、透过口腔的皮肤破损进入你的血液。但是，这笔账不应该算在哪种性爱方式上，而应该算在性病的头上。