由于附睾结构特殊，因此细菌侵入后容易祸根常留，很难彻底治愈。为了防止附睾炎迁延不愈，无论急性或慢性附睾炎，都应彻底治疗，但是在治疗附睾炎是要注意以下注意事项：
（1）选用恰当的抗菌药物，急性附睾炎应治疗到症状完全消失后，再继续用药4～5天;慢性附睾炎则需要继续用药2～3周，以巩固疗效。
（2）应经常做阴囊部热敷，站立或行走过多的人都宜佩戴布制阴囊托。把阴囊托起的目的是为了改善附睾的血液循环，以助炎症的消退。
（3）避免房事过频，以减少性器官的充血程度，减轻附睾的工作负担，对提高附睾局部的抵抗力有利。
（4）杜绝酗酒、吸烟，少吃辛辣酸等刺激性食物，以防附睾局部充血。
附睾炎只要治疗及时恰当，可以彻底治愈，一般不会像附睾结核那样引起附睾内输精管道的粘连阻塞。相反，如果掉以轻心，致使附睾炎长期不愈，则会因炎症疤痕粘连而阻塞附睾里输精管道的管腔，从而酿成继发性不育症，并且颇难再恢复，由此而遗恨终身。