因为室间隔缺损有一个洞存在，可以导致左右心室的血窜来窜去，而最主要的原因是左心室压力高，所以血流的分流都是左心室分流到右心室，进而导致右心室到肺动脉的血增加，便会增加感染几率。即如果肺内部的血较多，且抵抗力较差，细菌毒力较强，容易引发肺炎。一旦肺炎痊愈以后，如果有另外一种细菌入侵，便会感染另一场肺炎。
室间隔缺损的危害是如果孩子经常肺充血、肺高压、反复肺炎，甚至严重者缺损分流量较大，且孩子年龄较小，可以引起右心功能不良，或者右心功能衰竭。建议室缺要尽早手术，避免反复肺炎而最后导致心衰，会非常麻烦，除非室缺较小。室缺可导致心内膜炎，目前因抗菌素较广谱，患者抵抗力较好，很难出现心内膜炎。