生长激素治疗矮小症无明显副作用，但部分孩子长期生长激素缺乏，得到充足生长激素后可能会出现局部水肿，手肿、脚肿，有孩子会出现头痛、脸肿，均属于可逆性反应，减少生长激素剂量或停用几天上述症状均会消失。还有部分孩子对生长激素注射会有皮肤局部过敏，会起硬结，此时可减少剂量或停用几天，上述现象也会有所改善。
明显脊柱侧弯的孩子注射生长激素有加大脊柱侧弯的风险，部分孩子有股骨头滑脱风险，应注意提防，血糖偏高者注射生长激素可能会让血糖更高。需注意有活动性肿瘤禁忌使用生长激素，对于无肿瘤的，不必过于担心生长激素注射之后会产生肿瘤。