如果房间隔缺损＞5mm，属于比较严重的疾病，需要通过开胸手术的治疗甚至介入手术的治疗方法，使房间隔缺损闭合，即可使患者尽快恢复到健康的状态。术后注意定期复查，这样才能使患者尽最大可能延长寿命，房间隔缺损一般可大可小，多数很小的房间隔缺损，对于患者不会有明显的临床表现。
房间隔缺损导致心脏的改变，比如导致右心室或者右心房的扩大有意义。从大小而言，比如大于0.5cm的房间隔缺损，认为是有临床意义的房间隔缺损。除此之外，如果房间隔缺损已经引起反常栓塞的这种表现，称为矛盾栓塞。一些来源于比如下肢静脉系统的血栓，可以通过房间隔缺损部位达到脑，可以达到视网膜、动脉等部位，这种房间隔缺损认为是有治疗意义的房间隔缺损。