房间隔缺损的后果与其直径有很大关系。如果刚出生存在5mm以下缺损，多半可以自愈。如果缺损＞5mm，则闭合希望很小。房间隔将心脏分左房和右房，左房和右房压力不同，左房压力较高，左房血进入左室供应体循环，右心血进入肺携氧回到左侧。若左侧氧合血进入右侧，减少了体循环带氧血，且增加了右心负担，右心反复做无用功，就会增加右心负荷，引起肺动脉高压，最后引起右侧压力增高。右心血栓可以通过缺损到左侧，引起体循环栓塞，特别是引起脑血管栓塞以后症状很严重，会引起中风。
缺损直径越大，出现后果的可能性越大，6mm正好在临界线以上。如果是中央型即继发孔的类型，在合适情况下，特别在卵圆窝部位，可以通过微创介入使用封堵器进行缺损闭合。如果是原发型，或缺损位置不好，离边界太近，不适合做内科介入封堵，需要开胸进行外科修补。