儿童轻度肥胖并不影响智力，如果儿童出现明显肥胖，对智力有所影响。明显肥胖的孩子红细胞浓度过高，容易导致血液黏稠度过高。此外，明显肥胖的孩子还容易出现夜间睡眠呼吸暂停综合征，容易出现睡眠时低通气综合征，导致低氧血症，睡眠质量较差，因为长期处于低氧血症状态中，生理机能并不能得到完全修复，第二天孩子上课或者活动会出现疲倦状态。
此外，明显肥胖儿童与正常体重儿童相对比，行为协调能力、动作协调能力明显偏差。另外，肥胖孩子在精神心理方面容易出现自卑、抑郁、焦躁等，导致出现性格孤僻等表现，也会影响自信心，进而对智力发展不利。