目前对于新生儿认识都在逐步增加，医学界对于益生菌研究也在不断进行。大家都认可益生菌对于肠道健康甚至人体健康都有至关重要作用，可调理肠道菌群，恢复肠道微生态平衡，并重建肠道天然屏障保护作用。但身体中本身就有益生菌存在，一般对于正常人不需额外补充益生菌，肠道内已经存在益生菌足够维持肠道健康。所以针对孩子，如果新生儿没有异常表现，吃奶、排便等都正常，实际并不需额外补充益生菌，只要正常喂养即可。孩子吃奶过程中，尤其吃母乳过程中，自身肠道菌群也会逐渐建立，并且具备孩子自身特点，不需额外干预。
对于患病孩子，比如有腹泻等疾病，肠道内有病原体存在，同时有害菌作用占上风，或因添加抗生素等治疗手段，导致肠道内肠道菌群失调，益生菌弱势而有害菌强势，易引起患病。这时可在医生建议下适当添加益生菌，有助于疾病和肠道健康恢复。用药一般根据疾病决定，普通感染等，一般疾病恢复后再维持1周，益生菌就可停用。如果孩子因过敏等疾病而需使用益生菌，时间可适当延长。多数药品级益生菌使用不超过3个月合理，而食品级益生菌没有严格用药疗程规定。