根据婴儿脑炎病原体不同，症状不同。病毒性脑炎早期表现为发热、头痛、呕吐、精神较差，逐步进展为意识障碍、惊厥、昏迷。通过脑脊液检测，影像学检测，可明确病毒性脑炎诊断。因婴儿期脑炎儿童不能诉说主观症状，如头痛，临床可观察前囟是否隆起。若发现儿童存在发热、前囟隆起，需注意有无婴儿脑炎早期表现。
细菌性脑膜炎感染症状较重，可出现高热不退、呕吐、精神较差、前囟隆起。严重者会出现抽搐、昏迷。结核性脑膜炎以及中枢性脑膜炎起病相对缓慢，早期症状不典型，可以存在低热、食欲下降、精神较差、体重下降等表现。随病程进展逐步出现严重神经系统功能损害表现，包括颅神经受累症状、抽搐、昏迷、意识障碍等。