卵圆孔未闭部分患者需要处理，大部分患者不需要处理。卵圆孔未闭是胚胎期生理性通道，一般在出生后卵圆孔应该闭合。如果存在某些因素，出生以后卵圆孔迟迟未闭合，是因为左心房和右心房压力不同。左心房压力比较高，血液从左心房流到右心房，产生左向右分流。因卵圆孔很小，微量的左向右分流对身体循环影响较小。
随着年龄增长，到一定年龄以后，如40-50岁或者50岁以上患者久坐、下肢静脉异常、静脉曲张、瓣膜回流功能不好，下肢静脉容易产生微小血栓，血栓脱落后随着血液回流到心脏。正常情况下，由于肺的过滤作用，血栓可以被肺过滤出去，如果存在卵圆孔，血栓容易通过卵圆孔进入左心系统到达大脑，造成脑血栓或者脑梗死。
如果有卵圆孔未闭的患者反复出现脑梗塞或者脑血栓，需要手术治疗。手术采取介入封堵方法，一般不需要开胸。