慢性结肠炎的并发症有以下几方面：
1、大出血：如果破坏大血管，会造成大出血；
2、合并感染：最常见的为艰难梭菌感染，病程较长，可能会合并新的感染，因为肠道中有多种条件致病菌，在某些情况下其致病性会发挥作用。肠道也有一些有害菌，肠道慢性结肠炎，肠黏膜受损情况下，导致过路的细菌定植下来，如果定植下来的细菌毒力较强，甚至会造成全身感染；
3、如果慢性结肠炎较严重，病变反复迁延不愈，还会造成穿孔、瘘管。可以为肠与肠之间形成的瘘，也可以瘘到其它地方，严重的患者会造成腹膜炎。有些患者好转以后，如果黏膜组织破坏严重，还会造成肠狭窄，肠狭窄以后肠子会不通畅。有些疾病常年不愈，如10-20年不愈，这种在成人中较多见，还有癌变的风险。