手足口病是上呼吸道传染病，主要通过密切接触或者间接接触、飞沫传播感染，如未感染的宝宝触摸生病宝宝摸过的地方或者玩过的玩具，在没洗手情况下把手放到嘴里，会传播该疾病。如果和患病宝宝对面说话，飞沫也可以通过上呼吸道黏膜传播。如果宝宝手上泡液渗出或者其他体液渗出，与易感宝宝接触，也会通过接触传播。
预防方面主要是切断传染源，避免密切接触。一旦诊断为手足口病，要居家隔离，严重患者要住院隔离，一般隔离时间为7-14天。另外，还可注射手足口病疫苗，但手足口病疫苗只能预防EV71型即重症型手足口病，没有其他亚型疫苗。