灌肠是清理肠道，可作为检查前的准备，如做肠镜、钡灌肠造影前的准备。如果患者为先天性巨结肠，清洁灌肠可作为治疗手段。灌肠也可作为给药的一个途径，有些药物需通过直肠直接给予。但是灌肠也有副作用，具体如下：
1、造成患者肛门部位不适，如果医生动作粗暴，还会造成肛门损伤；
2、灌肠后造成患者短暂腹泻，如灌镇静药后会腹泻1-2天，主要为肛门刺激或者灌气液体渗透压稍高造成腹泻，但是这些症状都较短暂，能快速好转；
3、灌肠严重的并发症是造成穿孔，穿孔原因为患者肠道本身情况差、薄，若有严重的中毒性巨结肠，此时灌肠穿孔的危险性很大。同时穿孔与操作者手法粗暴也有关系，因此医生要严格掌握灌肠的适应症与禁忌症，操作时手法轻柔。