儿童学习困难的原因非常复杂和多样，所有发育行为儿科疾病都可能引起学习困难，如注意缺陷多动障碍、智力障碍、阅读困难、读写障碍、孤独症谱系障碍及行为问题，均可能引起学习困难。
可以针对导致学习困难的原因进行治疗和干预，如多动症引起学习困难，6岁以前的小儿可采取行为管理治疗注意缺陷多动障碍，随着注意力提高，多动情况好转，学习困难可以得到解决；6岁以上的小儿的治疗原则是药物治疗结合行为治疗，多动症治好后，学习困难的问题可以得到解决。此外，智力障碍导致学习困难，首先要进行智力认知功能训练，智力和认知功能得一定改善，学习困难才能缓解。