儿童癫痫属于慢性病，各种原因可导致儿童癫痫发作。目前国际抗癫痫联盟将儿童癫痫的病因学分为六类，具体如下：
1、遗传性：由于儿童基因发生点突变或发生微缺失、微重复以及由于染色体异常导致癫痫发作；
2、颅内结构发生变化：可为先天性发育异常，如局灶性皮质发育不良、脑穿通畸形、灰质异位症、无脑回或巨脑回等，儿童既往存在颅内感染或颅内出血以及脑外伤后导致脑软化灶结构异常；
3、代谢原因：由于儿童内环境生化出现变化，代谢紊乱导致癫痫发作。代谢因素可以是基因突变导致；
4、免疫性癫痫：癫痫发作与免疫性脑炎存在密切关系；
5、感染后并发癫痫：由于儿童在癫痫前存在颅内感染，颅内感染得到有效治疗后出现癫痫并发症；
6、目前医学上无明确原因的癫痫。